Pareiškėjai ar kiti asmenys gali pateikti skundus dėl Skyriaus darbuotojų darbo kokybės, sertifikuotų ūkių bei įmonių veiklos ar sertifikuotų produktų. Skundus galima teikti raštu ar informuoti pasinaudojant kitomis ryšio priemonėmis.
Skundams gautiems dėl sertifikuotų ūkių bei įmonių veiklos ar gamybos produktų nagrinėti, jeigu jie būna susiję su Skyriaus vykdoma veikla, inicijuojamas skubus tikrinimas. Apie priimtą sprendimą suinteresuoti asmenys palikę savo kontaktus yra informuojami raštu per 5 darbo dienas nuo priimto sprendimo datos.
Jeigu pareiškėjas nesutinka su Skyriaus išvada dėl atitikties NKP specifikacijai ir NKP taisyklių reikalavimams ar kitų sertifikavimo įstaigos veiksmų, jis per 30 kalendorinių dienų nuo sprendimo priėmimo turi teisę teikti skundą ar apeliaciją sertifikavimo Skyriui pagal nustatytą skundų ir apeliacijų pateikimo, priėmimo ir nagrinėjimo tvarkos aprašą.